Распространенная технология генетического анализа неправильно определяет очень редкие генные варианты

Исследователи из Университета Эксетера (Великобритания) провели масштабный анализ технологии, после того как узнали о случаях хирургического удаления молочных желез у женщин, которым неправильно диагностировали наличие крайне редкого варианта гена BRCA1, существенно повышающего риск развития рака груди. В большинстве случаев присутствие редкого варианта гена определялось неверно.

Технология, основанная на генотипировании однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), выявляет генетические вариации в сотнях тысячах локаций в геноме человека. С определением генетической предрасположенности к таким распространенным заболеваниям, как диабет 2 типа, эта технология справляется отлично, однако генетики давно знают, что она менее надежна для выявления редких вариантов. За пределами генетического научного сообщества эта проблема мало известна, и SNP широко используется коммерческими фирмами, которые напрямую предлагают потребителям проведение генетического анализа.

«Технология крайне ненадежна в определении очень редких вариантов генов, отвечающих за развитие заболеваний, она часто дает ложноположительные результаты, что может иметь серьезные последствия в виде назначения ненужных и неоправданных инвазивных медицинских процедур», – комментирует Кэролайн Райт, профессор геномной медицины Университета Эксетера.

Команда исследователей сравнила данные, полученные с помощью технологии генотипирования SNP, с результатами более надежных инструментов секвенирования ДНК почти 50 000 человек из Биобанка Великобритании, а также с данными 21 человека, которые поделились результатами своих генетических анализов, выполненных в рамках проекта Personal Genome Project. В итоге оказалось, что чем более редким был вариант гена, тем менее надежным был результат, полученный технологией SNP: очень редкие варианты генов, встречающиеся менее чем у 1 человека из 100 000, в 84% случаев определялись неверно. У 20 из 21 участника контрольной группы был как минимум один ложноположительный результат на редкий вариант, вызывающий заболевание.

По словам авторов исследования, результаты их работы говорят о том, что технологию SNP нельзя использовать для разработки стратегии лечения, пока полученные данные не будут подтверждены.