Разработана методика идентификации РНК, влияющих на транскрипцию

Долгое время предполагалось, что транскрипция генов — считывание ДНК с РНК — определяется белковыми факторами. Однако в последние годы было показано, что важную роль в этом процессе играют некодирующие РНК, расположенные в ядрах клеток. Они способны привлекать к конкретным участкам генома активаторы или репрессоры транскрипции, конфигурировать геном в пространстве, а также выполнять функции в процессе сборки белковых комплексов или организации белковых конденсатов.

В недавних работах было установлено, что РНК важны для привлечения к конкретным местам генома репрессоров транскрипции группы Polycomb. Эти репрессоры регулируют отключение генов на эмбриональной стадии. При этом сами РНК, важные в этом процессе, так и не были идентифицированы.

«Имевшиеся методы исследования некодирующих РНК позволяли идентифицировать лишь их сайты посадки в геноме, однако не позволяли анализировать белки, которые могут привлекаться ими к геному», — поясняет Алексей Гаврилов, первый автор опубликованного исследования, ведущий научный сотрудник Института биологии гена РАН.

Российские исследователи и их американские коллеги предложили особый метод, позволяющий анализировать опосредованные конкретными белками контакты ДНК и РНК, под названием RedChIP. Название указывает на комбинацию двух подходов: полногеномного анализа по протоколу Red-C и иммунопреципитации хроматина ChIP. Первый позволяет определить, какие молекулы РНК были связаны с конкретными участками генома, а второй даёт возможность изолировать ДНК-РНК-белковые комплексы.

С помощью новой методики авторам удалось идентифицировать некодирующие РНК, задействованные в привлечении транскрипционных репрессоров группы Polycomb к генам, важным при развитии организма.

«Мы рассчитываем, что разработанный нами метод позволит уточнить карту хромосомных взаимодействий, функции и механизмы действия уже известных некодирующих РНК, а также идентифицировать новые типы регуляторных РНК, контролирующих экспрессию генов на транскрипционном уровне. Некодирующие РНК — регуляторы огромного числа процессов в жизни клетки. Поэтому знание об их функциях может послужить основой для создания новых клеточных моделей и разработки способов лечения различных генетических заболеваний», — отмечает Алексей Гаврилов.

Фото: poisknews