Отечественная тест-система для секвенирования генома SARS-CoV-2 будет следить за мутациями вируса

Активное распространение вируса SARS-CoV-2 по планете сопровождается его мутациями, которые крайне важно вовремя отслеживать, ведь изменение генома вируса может сказаться на эффективности разрабатываемых вакцин и используемых методов диагностики и лечения. Сегодня Covid-19 – заболевание, вызываемое новым коронавирусом, диагностируется с помощью метода полимеразной цепной реакции (ПЦР), который позволяет определить частицы вируса в исследуемом образце. Высокоспецифичные ПЦР тест-системы полагаются на данные, полученные в результате расшифровки генома возбудителя методом секвенирования: этот способ позволяет определять последовательность нуклеотидов в геноме вируса. В 2020 году Центр по контролю и профилактике заболеваний США выделил на поддержку программы секвенирования SARS-CoV-2 почти $9 миллионов.

В России подобные исследования проводятся в рамках Российского консорциума по секвенированию геномов коронавирусов, созданного летом 2020 года по инициативе ФГБУ «НИИ гриппа им А.А. Смородинцева» Минздрава России. Собранные из 36 регионов страны данные добавляются в международную базу данных EpiCov GISAID, при этом одним из наиболее популярных и часто используемых протоколов секвенирования является ARTIC Network. Проблема в том, что в протоколе используются реагенты зарубежных производителей с длительными сроками поставки, из-за чего страдает оперативность проведения исследований. Кроме того, глубина покрытия генома SARS-CoV-2 в данном протоколе зачастую оказывается неравномерной, что снижает качество данных о некоторых областях.

«Тест-система, разработанная компанией Parseq Lab при участии специалистов ФГБУ «НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева, использует большее количество коротких ампликонов по сравнению с ARTIC Network и позволяет добиться более равномерного покрытия генома и проанализировать больше образцов», – отмечает Андрей Комиссаров, заведующий лабораторией молекулярной вирусологии ФГБУ «НИИ гриппа им А.А. Смородинцева».

Для разработки новой тест-системы, которая бы максимально покрывала геном вируса и позволяла стандартизировать данные, компания Parseq Lab объединила молекулярных генетиков, биоинформатиков и программистов. Их задачей было создание набора реагентов и разработка специального программного обеспечения для обработки данных. Итогом стала тест-система VariFind™ SARS-Cov-2 assay, которая уже прошла испытания на базе ФГБУ «НИИ гриппа им А.А. Смородинцева». Новое высокотехнологичное решение показало практически полное и равномерное покрытие всего генома вируса и позволило в 2 раза увеличить количество одновременно анализируемых образцов, сократив временные затраты на анализ.