Новый алгоритм учёных из Университета Карнеги-Меллона поможет прояснить, как происходит сворачивание геномов в ядрах клеток организма, и как этот процесс влияет на экспрессию различных генов.
Алгоритм под названием Higashi создан на базе метода машинного обучения на основе репрезентации гиперграфов. Эта технология применяется во множестве сфер: от анализа вкусов пользователей в приложениях для прослушивания музыки до распознавания трёхмерных объектов. Higashi — первый алгоритм на основе нейросетей на графах, способный провести детальный анализ геномной организации в отдельных клетках.
Технология позволяет делать моментальные фотографии динамики ДНК-РНК-белковых комплексов хроматинов. Именно сворачивание хроматинов в ядро клетки влияет на дальнейшую генетическую экспрессию. Higashi изучает организацию хроматинов в ядрах клеток, а также то, как порядок организации отличается от клетки к клетке.
Разработчики алгоритма отмечают, что вариабельность геномной клеточной организации необходимо изучать более детально, так как она влияет на активность генов, а значит и на развитие различных заболеваний.
Фото: CC0
Это новость от журнала ММ «Машины и механизмы». Не знаете такого? Приглашаем прямо сейчас познакомиться с этим удивительным журналом.