Новый геномный сборщик можно использовать для расшифровки образцов ДНК микробных сообществ, полученных из самых разных сред – от глубин океанов до кишечника человека.
Изучение и расшифровка ДНК любого организма – это сложный процесс, в котором не обойтись без специальных биотехнологических инструментов – секвенаторов. Эти машины не умеют «читать» геном, как мы книгу, то есть полностью от начала и до конца, а делают это короткими прочтениями – ридами. Риды необходимо объединить в более крупные фрагменты, чтобы затем получить исходную последовательность ДНК. Эта задача похожа на сборку невероятно сложного пазла, состоящего подчас из большого количества одинаковых последовательностей. Поэтому для того, чтобы собрать «правильную» картинку, ученые используют специализированные программы – геномные сборщики.
Существуют десятки различных сборщиков геномов, которые адаптированы к разным типам данных и секвенаторов. Кроме того, ученые постоянно совершенствуют эти программы, чтобы ускорить итоговую сборку и сделать последовательность прочтений более точной и длинной.
Этим и занималась группа российских и американских ученых на базе Центра алгоритмических технологий СПбГУ. Специалисты усовершенствовали предыдущую разработку и создали новый сборщик metaFlye. Особенность новой программы в том, что ее можно использовать при сборке более сложных данных – так называемых метагеномов. Это поможет выяснить, чем микробные организмы в той или иной среде могут питаться, как взаимодействуют между собой, какие вещества синтезируют.
Ученые уже опробовали новый сборщик для анализа метагеномных образцов из желудочно-кишечного тракта человека и некоторых животных.
По словам специалистов, полученные при помощи metaFlye данные в дальнейшем можно будет использовать, к примеру, для поиска новых лекарственных средств и для контроля процесса лечения человека.
Фото: PixabayЭто новость от журнала ММ «Машины и механизмы». Не знаете такого? Приглашаем прямо сейчас познакомиться с этим удивительным журналом.