Новый алгоритм поможет локализовать экспрессию генов
Антон Тальский –
Генетическое секвенирование применяется в биологических науках всё чаще. Рост количества генетической информации требует создания новых технологий её представления и обработки. Например, учёные нуждаются в методе, с помощью которого можно было бы наглядно понять, в какой части тела расположены те или иные типы клеток, а также где именно происходит экспрессия тех или иных генов.
Недавно исследователи из Федеральной политехнической школы Лозанны создали новый алгоритм, способный конвертировать данные об экспрессии генов в изображения, показывающие, где именно этот процесс происходит. Свою технологию учёные назвали «Tomographer».
Исследователи пояснили принцип функционирования своей разработки. Клетки той или иной изучаемой ткани разделяются на части для сбора их мРНК. Каждая из последних указывает на определённые гены, экспрессия которых происходила в клетке. В дальнейшем эти данные загружаются в «Tomographer», который затем реконструирует из них пространственный визуальный образ локации, в которой имела место экспрессия.
В качестве испытания технология создала пространственную карту молекулярной анатомии мозга австралийской бородатой ящерицы. Алгоритм прекрасно справился со своей задачей, показав, что способен работать не только с организмами, которые часто применяются в лабораториях в качестве моделей (например, мышами), но и с редкими для исследований данными.
Исследователи считают, что в будущем «Tomographer» может стать необходимым помощником как в генетических исследованиях, так и в медицинской практике. Подробнее о своей разработке учёные рассказали в статье для журнала Nature.
Фото: CC0 Public Domain
Это новость от журнала ММ «Машины и механизмы». Не знаете такого? Приглашаем прямо сейчас познакомиться с этим удивительным журналом.