Раньше в рамках исследований ученым приходилось использовать живых мышей, создавая, заражая и отбирая образцы, а также извлекая и секвенируя РНК для изучения интересующих генов. Новое приложение может проверить активность любого гена по целому ряду заболеваний, не требуя жертв животных.
Создание приложения началось в 2009 году. С помощью микрочипов ученые пытались определить активность генов в образцах легких и крови. К 2015 году проект был почти завершен, но производитель необходимых реагентов внезапно перестал их изготовлять. Без оборудования исследование было не завершить. В это время на рынке появилась методика RNA-Seq, предлагающая другой способ количественной оценки активности генов. После переговоров ученым предложили новейшие реагенты RNA-Seq и предоставили место для хранения больших объемов сгенерированных данных.
Поскольку образцы тканей и крови из экспериментов с микрочипами были заморожены, ученые смогли снова их использовать для секвенирования РНК. Благодаря качественному хранению образцов ученые смогли обойтись без использования животных. Они обратили внимание на этот способ и, используя передовые методы биоинформатики, сгруппировали тысячи генов и миллионы данных в форму модулей, создав доступное для всех приложение.
Модули представляют собой кластеры генов, совместно регулирующихся и часто аннотироваными для определения их функции и известных физиологических ролей. Ученые использовали технологию секвенирования «RNA-seq» для измерения активности генов при различных заболеваниях. Поскольку для функционирования гены должны транскрибировать свою ДНК в РНК, анализ РНК показывает, насколько активен каждый ген. Их активность показывает, как организм реагирует на инфекции и аллергены.
Фото: pixaby.com
Это новость от журнала ММ «Машины и механизмы». Не знаете такого? Приглашаем прямо сейчас познакомиться с этим удивительным журналом.