Миковирусы прицельно поражают грибы и теоретически могут влиять на экологию, сельское хозяйство, продовольственную безопасность и здоровье населения. Понимание природы этих вирусов, включая их количество и эволюцию, поможет в изучении происхождения и других вирусов планеты.
Предыдущие исследования РНК-миковирусов полагались на сходство последовательностей с уже описанными вирусами, однако такой подход оставляет вирусы с отличным генетическим строением или другими последовательностями вне поля зрения ученых. Исследователи из Университета Цукуба (Япония) с помощью технологии секвенирования двухцепочечной РНК (FLDS) смогли идентифицировать ранее упущенные из вида последовательности вирусного генома.
FLDS позволила ученым определить 19 РНК-вирусов в грибке аспергиллы (Aspergillus), причем 9 из них не определялись традиционным методом изучения. Более того, геном 42% вирусов был сегментирован или «разбросан» по геному организма-хозяина, а в остальных случаях строение генома и вовсе было новым.
РНК-зависимая РНК-полимераза (RdRp) – важный ген всех РНК-вирусов, который позволяет РНК-геному реплицироваться от матричной РНК. Раньше считалось, что все РНК-вирусы кодируют RdRp как один непрерывный ген.
«Однако мы обнаружили, что некоторые вирусы из семейства Narnaviridae кодируют RdRp без каталитического домена – группы обособленных последовательностей аминокислот в белке, которая определяет ряд функций молекулы, – комментируют авторы исследования. – Мы также обнаружили другую открытую рамку считывания – последовательность нуклеотидов в составе РНК – в которой такой «потерянный» домен был».Хотя некоторые последовательности RdRp без каталитического домена были описаны ранее, изученные вирусные геномы еще и производили несовершенные белки RdRp. Полученные результаты указывают на то, что структурную пластичность RdRp следует пересмотреть. Сам же метод FLDS должен использоваться для изучения вирусных геномов и может стать мощным инструментом для расширения знаний о разнообразии генома РНК-вирусов.
Фото: vchal/ShutterstockЭто новость от журнала ММ «Машины и механизмы». Не знаете такого? Приглашаем прямо сейчас познакомиться с этим удивительным журналом.